虽然没有完整的统计数据，但不良率高、资本补充压力大，是农商行普遍存在的情况。相关数据显示，截至今年9月底，甘肃法人银行机构的资本充足率仅为2.5%，扣除城商行之后，该地区农商行的资本充足率可能为为负数；安徽省化解中小银行风险的资金缺口超过560亿元。
 

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相对于大中型银行和城商行，农商行除了资本补充渠道较少之外，部分机构还面临着股东“拖累”。2019年以来，监管持续开展中小银行股权专项治理，如黑龙江省就在今年10月对17家存在股权和关联交易违法违规行为的中小银行进行了相关处罚。

今年以来，包括黑龙江在内，山东、河南等多地的农商行出现了股东退股、减资，其中部分银行的股东还陷入多起债务纠纷。在内生资本补充能力不足的情况下，这势必会给部分银行的资本充足带来影响。